Articles

MGDB: a comprehensive database of genes involved in melanoma

Abstract

The Melanoma Gene Database (Mgdb) is een handmatig samengestelde catalogus van moleculair genetische gegevens met betrekking tot genen die betrokken zijn bij melanoom. Het hoofddoel van deze database is het opzetten van een netwerk van melanoom gerelateerde genen en het vergemakkelijken van de mechanistische studie van melanoom tumorigenese. De inzendingen die de relaties tussen melanoom en genen in de huidige versie beschrijven, werden manueel geëxtraheerd uit PubMed abstracts, die cumulatieve tot op heden 527 menselijke melanoomgenen bevat (422 eiwitcoderende en 105 niet-coderende genen). Elk melanoomgen werd geannoteerd in zeven verschillende aspecten (Algemene informatie, uitdrukking, methylatie, mutatie, interactie, weg en Drug). Bovendien zijn handmatig gecureerde literatuurverwijzingen ook verstrekt om de opneming van het gen in MGDB te steunen en zijn vereniging met melanoom te vestigen. MGDB heeft een gebruiksvriendelijke webinterface met meerdere browse-en zoekfuncties. We hoopten dat MGDB onze kennis over melanoomgenetica zou verrijken en een nuttige aanvulling zou vormen op de bestaande publieke middelen.